Les chaînes de transmission. Au mois de mai 2020, une épidémie d'encéphalite a éclaté dans l'Ain, à cause de… fromage de chèvre. En réalité, c'est toute une chaîne de transmission entre espèces animales qui s'est établie, jusqu'aux humains. En effet, comme le montre une enquête de Santé Publique France, l'encéphalite a été causée par des tiques, qui l'ont transmis à des troupeaux de chèvres du bassin d'Oyonnax. Le virus s'est ensuite propagé chez l'Homme par la production de fromage. Ces chaînes de transmission sont fréquentes chez les maladies qui touchent les humains (certaines grippes, potentiellement le nouveau coronavirus, etc.) et la compréhension des mécanismes de transmission inter-espèces est primordiale pour aider à développer de meilleurs traitements.
Le département de Santé Animale de l'Institut, dirigé par Muriel Vayssier-Taussat, étudie les interactions entre la santé animale et humaine. “Pour préserver la santé de l'Homme, une des voies est de préserver la santé animale” explique-t-elle. Mais cette protection ne doit pas être menée n'importe comment. Ces dernières années, il a été observé que la résistance aux antibiotiques avait largement augmenté chez de nombreux animaux dû à un usage massif. Ceci contribue à l'apparition de nouveaux virus plus résistants et donc potentiellement plus facilement transmissibles à l'Homme. L'unité Génétique Animale et Biologie Intégrative, dirigée par Claire Rogel-Gaillard, se consacre à l'étude de la diversité génomique en élevage, et son lien avec les santés : “Comment sélectionner des animaux qui vont être en bonne santé [...] tout en limitant l'usage d'anti-infectieux et en réduisant l'empreinte environnementale ? Il y a en fait un lien assez fort entre la durabilité des systèmes d'élevage et la santé des Hommes et animaux de la Terre.” A l'aide de travaux sur la variabilité individuelle des réponses immunitaires (aux maladies et aux vaccins) sur les animaux d'élevage, Mme Rogel-Gaillard explique qu'il “n'existe pas d'animal complètement optimal dans toutes les conditions et dans tous les environnements [...]. Une génétique optimale dans un environnement peut ne pas être optimale dans un autre.” 
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